Obowiązek zapisywania udzielanych w parafiach rzymskokatolickich ślubów i chrztów wprowadził sobór trydencki 11 listopada 1563 r. W ramach dekretu „Tametsi dubitandum”, normującego prawo małżeńskie, sobór postanowił, że w prowadzonych przez proboszczów księgach zaślubionych powinny znajdować się wpisy dotyczące imion nowożeńców, świadków ślubu oraz dzień, miesiąc, rok i miejsce zawarcia małżeństwa. W podobny sposób nakazał sobór prowadzenie ksiąg ochrzczonych. Każdy wpis chrztu zawierać miał odtąd: imię i nazwisko dziecka, datę uroczystości, imiona rodziców, imiona i nazwiska rodziców chrzestnych oraz dane dotyczące osoby udzielającej chrztu.
W postanowieniach soboru nie było żadnej wzmianki o konieczności prowadzenia ksiąg zmarłych. Dopiero tzw. Rytuał Rzymski wydany w 1614 r. przez papieża Pawła V nałożył na proboszczów parafii rzymskokatolickich obowiązek prowadzenia pięciu kategorii ksiąg metrykalnych: ochrzczonych, bierzmowanych, zaślubionych, zmarłych i tzw. status animarum, czyli ksiąg zawierających wykazy parafian. Określono jednocześnie szczegółowo formę i treść poszczególnych wpisów.
W Polsce synody kościelne zajęły się zagadnieniem metryk kościelnych dopiero w drugiej połowie XVI wieku, a więc w okresie potrydenckim. Prowadzenie ksiąg metrykalnych w latach wcześniejszych należało do rzadkości, chociaż zalecały je już: w 1459 r. synod krakowski i w 1506 r. synod poznański.
Obowiązek rejestracji parafialnej ochrzczonych i zaślubionych wprowadziły polskie synody potrydenckie w latach 1579-1602, obwarowując go jednocześnie bardzo wysoką karą dziesięciu grzywien. Dla całej Polski decydujące znaczenie miał jednak dopiero synod prymacjalny piotrkowski z 1607 r., któremu przewodniczył kardynał prymas Bernard Maciejowski. Nakazał on prowadzenie w parafiach ksiąg ochrzczonych, bierzmowanych, zaślubionych, komunikujących na Wielkanoc oraz statystyki parafialnej, podając równocześnie szczegółowy formularz dla poszczególnych wpisów metrykalnych.
Do wprowadzenia ksiąg zgonów zobowiązał polskie duchowieństwo dopiero Rytuał Piotrkowski, wprowadzony do wszystkich diecezji i archidiecezji polskich w 1631 r. Synod łucki biskupa Gembickiego z 1641 r. nakazał proboszczom osobiste dokonywanie wpisów, a synod płocki z 1733 r. ustalił, że księgi metrykalne dla większej wiarygodności powinny być na wszystkich stronnicach liczbowane, a poszczególne wpisy numerowane według dat.
Zalecenia późniejszych synodów polskich kładły główny nacisk na staranne i oddzielne prowadzenie trzech kategorii ksiąg (chrzty, śluby i zgony) oraz pieczołowite ich przechowywanie. Stan ksiąg metrykalnych kontrolowały wizytacje parafialne przeprowadzane w obrębie poszczególnych diecezji. Bieżące prowadzenie metryk oceniali ówcześni wizytatorzy częstokroć niekorzystnie, ze względu na łączne sporządzanie zapisów ślubów i chrztów, brak rejestracji zgonów, nieczytelność wpisów i ich przemieszczanie chronologiczne.
W drugiej połowie XVIII wieku zaznaczyła się stopniowa poprawa w prowadzeniu ksiąg metrykalnych, co związane było ze wzmożoną aktywnością administracyjną władz kościelnych, podniesieniem poziomu wykształcania duchowieństwa parafialnego i wzrostem znaczenia samych metryk, których uwierzytelnione odpisy zaczęły nabierać mocy prawnej. Narzuciło to konieczność dokładnego zabezpieczania ksiąg, bądź przez deponowanie ich w archiwach diecezjalnych, bądź też sporządzanie z nich corocznych odpisów do dyspozycji władz państwowych.
Duże zmiany w organizacji Kościoła rzymskokatolickiego wprowadził pierwszy rozbiór Polski.
W okresie rozbiorów kościelna rejestracja metrykalna nabrała charakteru urzędowej ewidencji ruchu ludności, w związku z uznaniem jej za akta stanu cywilnego. W zaborze austriackim proboszczowie parafii mianowani zostali urzędnikami stanu cywilnego patentem cesarskim z 15 marca 1782 r. Dekret z 9 sierpnia 1786 r. rozciągnął to prawo na duchownych, będących pracownikami konsystorzy biskupich. Tak więc każdy proboszcz prowadzący akta stanu cywilnego był równocześnie podległy władzy kościelnej i państwowej. Reformę formularza ksiąg metrykalnych w Galicji przeprowadzono na mocy patentu cesarskiego Józefa II z 20 lutego 1784 r. Zaniechano wówczas dawnej staropolskiej formy wpisów opartej na Rytuale Rzymskim i Rytuale Piotrkowskim.
Rozporządzenie cesarskie ogłoszone 7 kwietnia 1784 r. przez konsystorze biskupie we Lwowie, Przemyślu i Tarnowie nakładało na proboszczów parafii obowiązek prowadzenia trzech odmiennych rejestrów: ksiąg urodzonych, ksiąg ślubów i ksiąg zgonów. Wpisy powinny być dokonywane po łacinie, osobno dla każdej wsi wchodzącej w skład parafii. Była to nowość w stosunku do ksiąg staropolskich, które w jednym tomie zawierały zapisy dla całej parafii. Dużą innowacją było także wprowadzenie rubryki „urodzony” w księgach urodzeń oraz „zmarły” w księgach zgonów, podczas gdy księgi staropolskie były właściwie księgami chrztów i pogrzebów.
Księgi urodzonych zawierały odtąd następujące rubryki: datę urodzin i chrztu dziecka (rok, miesiąc, dzień), jego imię, płeć i status (małżeńskie, pozamałżeńskie), imiona i nazwiska rodziców i ich wyznanie, imiona i nazwiska rodziców chrzestnych i ich zawód. Do ksiąg zaślubionych wpisywano dane dotyczące przebiegu ceremonii oraz jej uczestników: datę ślubu, personalia nupturientów (imiona, nazwiska, wyznanie, wiek, stan cywilny, numer domu) oraz świadków (imiona, nazwiska, zawód).
We wpisach do ksiąg zmarłych uwzględniano: rok, miesiąc, dzień, datę śmierci, numer domu, imię i nazwisko zmarłego, jego wyznanie, płeć, wiek, rodzaj choroby lub przyczynę śmierci, która wpisywana była zgodnie z diagnozą lekarza. Taki formularz obowiązywał faktycznie przez cały okres zaboru austriackiego. Dekretem gubernialnym z 1797 r. i 6 lipca 1803 r. nowe zasady prowadzenia metryk wprowadzono na tereny zabrane przez Austrię w wyniku trzeciego rozbioru.
Dopiero Reskrypt C. K. Ministerstwa Spraw Wewnętrznych z 1907 r. wprowadził pewne zmiany: utworzono nową rubrykę „uwagi” we wszystkich trzech kategoriach ksiąg metrykalnych oraz połączono w jednym zapisie dane dotyczące rodziców chrzestnych i ich zawód (w księgach urodzeń) oraz dane dotyczące świadków ślubu i ich zawód (w księgach zaślubin).
W księgach metrykalnych obowiązywały zapisy w języku łacińskim. Według informacji zawartych w schematyzmach diecezjalnych biskupstw galicyjskich, wszystkie parafie posiadały księgi metrykalne przynajmniej od końca XVIII wieku.
Sprawami zabezpieczenia ksiąg metrykalnych przed zniszczeniem jako pierwszy zajął się synod żmudzki z 1742 r. Polecił on proboszczom, by dawne metryki odsyłane były do archiwum diecezjalnego. Na początku każdej księgi powinno znaleźć się poświadczenie archiwisty o przyjęciu jej w depozyt. Największe znaczenie miały jednak dopiero zarządzenia arcybiskupa lwowskiego Wacława Hieronima Sierakowskiego z 1761 i 1765 r. nakazujące proboszczom sporządzanie odpisów metrykalnych i przesyłanie ich do kurii arcybiskupiej celem zabezpieczenia. Przepisy te dotyczyły jednak tylko metryk chrztów, podczas gdy pozostałe księgi miały być pieczołowicie przechowywane w jednym egzemplarzu w miejscowym archiwum parafialnym. Po rozbiorach sprawę prowadzenia i zabezpieczenia ksiąg metrykalnych przejęły w swoje ręce państwa zaborcze, wydając stosowne przepisy, m. in. rozporządzenie nadworne z 1788 r., dotyczące ziem polskich w granicach zaboru austriackiego, nakazywało proboszczom odsyłać kopie metryk do kurii biskupich.
Do wybuchu I wojny światowej archiwa diecezjalne, z nielicznymi wyjątkami, nie przeprowadziły zalecanej koncentracji metryk kościelnych sprzed 1795 r. Dawne księgi metrykalne trafiały do archiwów bardzo często przypadkowo razem z innymi dokumentami. Dopiero w okresie międzywojennym władze kościelne zaczęły zwracać baczniejszą uwagę na zabezpieczanie starych metrykaliów.
Wśród omawianych archiwaliów znajdowały się również akta wytworzone przez kancelarie parafialne: opisy kościołów i ich uposażenia, inwentarze kościelne, wzmianki o cudownych obrazach, księgi bractw pobożnych itp. Na szczególne wyróżnienie zasługiwały dokumenty pergaminowe. Archiwalia parafialne pochodziły z lat 1604 – 1786 i zawierały wówczas 1121 jednostek.
Po zakończeniu II wojny światowej nastąpiły poważne zmiany w zakresie organizacji Kościoła rzymskokatolickiego w Polsce. Dekret z 25 września 1945 r. wydany przez Radę Ministrów Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej stanowił, że dotychczas wytworzone księgi metrykalne miały zostać przekazane przez parafie do właściwych urzędów stanu cywilnego. Wypisy z tych ksiąg wydane przez osoby, które prowadziły wyznaniową rejestrację stanu cywilnego utraciły moc dokumentu publicznego.
19 kwietnia 1950 r. Ministerstwo Administracji Publicznej zostało zlikwidowane, powołany Urząd do Spraw Wyznań, natomiast akta z archiwum oraz pochodzące z innych źródeł zaczęto przekazywać do Urzędu Stanu Cywilnego m. st. Warszawy.
Po upływie 100 lat od daty zamknięcia, zgodnie z rozporządzeniem ministra spraw wewnętrznych z 14 lutego 1987 r. księgi były sukcesywnie przekazywane do Archiwum Głównego Akt Dawnych (obecnie jest to 100 lat dla ksiąg urodzeń i 80 lat dla ksiąg ślubów i zgonów).